Decreto Nro. 3629 del 11 de febrero (BMR Nro. 2113), un nuevo cambio se produce en la estructura orgánica del Ejército. La Dirección General del Material Aeronáutico del Ejército pasa a depender de este nuevo organismo, y con ella sus institutos, fábricas y talleres donde tácitamente queda incluido el Instituto Aerotécnico.

Casi un año después, la relevancia estratégica (política, económica y social) que había adquirido la aviación y sus industrias en el mundo, y la necesidad de contar con un organismo de planificación integral, inducen al Gobierno Nacional a crear la Secretaría de Aeronáutica por Decreto Nro. 228 del 4 de enero de 1945, otorgando a su titular el rango de Ministro de Estado. Por Decreto Nro. 289 de esa misma fecha, es nombrado Secretario el Comodoro Bartolomé de la Colina. Se subordinan a la Secretaría todas las dependencias y direcciones generales del Comando en Jefe de Aeronáutica. Queda así constituida la Aeronáutica como Tercer Arma de la Defensa Nacional, y el Instituto Aerotécnico como uno de sus principales organismos.

En 1947, por Decreto Nro. 36970 del 25 de noviembre (BAP Nro. 255) se aprueba una nueva organización del Instituto Aerotécnico, creándose la Dirección General Técnica y la Dirección General de 29 Fábricas #29. Por Decreto Nro. 6926 del 25 de marzo de 1949 (BAR Nro. 374) se deja sin efecto la relación de dependencia directa de la dirección General de Fábricas con el Instituto Aerotécnico, pasando ambos a depender paralelamente del Cuartel General de Aeronáutica. Por directivas del Plan Quinquenal de Aeronáutica (1947 - 1951) del mes de noviembre de 1946, el Instituto Aerotécnico está autorizado a adquirir licencias de fabricación y a despertar interés en la industria privada para desarrollar nuevas tecnologías. En el año 1946, el Instituto proyecta y construye en serie el primer bombardero de ataque bimotor en Sudamérica, el eficiente I.Ae. 24 CALQUÍN.

Durante ese año se da término a la primera serie de 100 aviones I.Ae. 22 DL y debido al alto rendimiento demostrado, se ordena una segunda serie de 100 máquinas más. Fueron 206 las que se construyeron al incluirse el prototipo para ensayos estructurales y modelos no homologados. El eficaz apoyo otorgado por el Gobierno Nacional y los fondos asignados permiten cumplir con todos los planes de trabajo. Aumenta considerablemente la producción y nace un nuevo motor: I.Ae. 19 EL INDIO.

Durante la Segunda Guerra Mundial #30 la aviación progresa en forma notable, logrando una alta y eficiente tecnología en la construcción de aeronaves y motores. Se perfeccionan las plantas de poder tanto en Alemania como en Inglaterra y se alcanzan grandes velocidades en aviones equipados con turbinas a reacción #31. En el Instituto Aerotécnico, un grupo de ingenieros aeronáuticos formados en nuestras universidades junto a otros especialistas europeos y bajo la dirección del profesor francés Emile Dewoitine, proyectan y construyen en 1947 un avión de caza: I.Ae. 27 PULOUI I #32, equipado con un turborreactor. Argentina se transformaba en el primer país de América del Sur en construir un avión con esas características, ubicándonos en quinto lugar en el mundo.

La década del '40 traería consigo una nueva organización del gran emprendimiento nacional nacido en 1927. Progresivamente se establecería la piedra angular de la industria pesada de nuestro país mediante fábricas dedicadas a la producción aeronáutica, a la producción automotriz y a realizar trabajos complementarios y necesarios para todas las actividades (además de dependencias dedicadas a la investigación). Estas fábricas serían centralmente las que durante 5 décadas marcarían profundamente la historia de la industria argentina, más allá de los cambios, agregados y fusiones a lo largo de las distintas gestiones:

- Fábrica de Aviones
- Fábrica de Motores, Hélices y Accesorios
- Fábrica de Paracaídas
- Fábrica de Automóviles
- Fábrica de Motocicletas
- Fábrica de Tractores
- Fábrica de Instrumentos y Equipos
- Fábrica de Maquinas y Herramientas
- Fábrica de Forja y Fundición (Departamento de Metalurgia)